（一）股权原值的确认方法
根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十五条的规定，个人转让股权的原值依照以下方法确认：
(1)以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
(2)以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
(3)通过无偿让渡方式取得股权，具备该办法第十三条第二项（即三代以内亲属间转让股权）所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值。
案例1：老王持有M公司100%股权，初始投资成本为2000万元，2014年底M公司净资产公允价值为1亿元，由于老王年事已高，且膝下无子女，因此2015年元月决定将自己的股权以1元钱的名义价格，全部转让给承担赡养义务的养子王五。王五取得M公司100%股权后，2015年10月1日，以1.1亿亿元的价格又将股权转让给李四。请分析说明如何缴纳个人所得税。
[答案]《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十三条第二项规定，继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。如果股权转让价格明显偏低，视为有正当理由，无需核定股权转让收入。
而收养关系属于法律拟制的亲属关系，根据收养法的规定，养子与亲身子女具有同样的权利与义务，因此如果老王能够提供具有法律效力身份关系证明，2015年元月税务机关应允许按照1元转让股权，不必核定股权转让收入征收个人所得税。
2015年10月1日，王五再次转让股权时，根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十五条的规定，本着不重复征税的原则，股权原值应为张先生的投资成本2000万元，因此王五应当确认股权转让所得9000万元(11000-2000)，缴纳个人所得税1800万元。
(4)被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。
案例2：（计算题）2014年10月31日，甲企业账面资产总额8000万元，负债3000万元，所有者权益5000万元，其中：实收资本1000万元，资本公积（其他资本公积）、盈余公积、未分配利润等盈余积累合计4000万元。2014年11月1日，自然人投资者（新股东）李四向甲企业原股东张三购买该企业100%股权，股权收购价4500万元（虽低于净资产账面价，但有主管税务机关认可的正当理由）。在新股东收购企业股权后的2014年12月30日，甲企业将资本公积、盈余公积、未分配利润等盈余积累3500万元向新股东转增实收资本。2015年10月1日，股东李四将持有的甲企业股权以6000万元全部转让给中国公民王五，请分析计算在上述交易过程中应缴纳的个人所得税是多少。
[答案]
(1)原股东张三应纳个人所得税：
张三以4500万元转让股权，其所得3500万元(4500-1000)，应按财产转让所得缴纳个人所得税：3500×20%=700（万元）。
(2)股东李四应纳个人所得税：
2014年11月1日，在新股东李四4500万元的股权收购价款中，除了实收资本1000万元外，实际上相当于以3500万元购买了原股东4000万元的盈余积累，即4000万元盈余积累中，有3500万元计入了股权交易价格，剩余500万元未计入股权交易价格。
2014年12月30日，甲企业转增实收资本时，其中所转增的3000万元不征收个人所得税，对于剩余所转增的500万元，李四应按“利息、股息、红利所得”项目缴纳个人所得税：500×20%=100（万元）。
2015年10月1日，股东李四将持有的甲企业股权以6000万元转让给王五时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费与盈余积累转增股本已缴个人所得税部分500万元，在本例中财产原值应为：500+4500=5000（万元），其所得应按“财产转让所得”项目计缴个人所得税：(6000-5000)×20%=200（万元）。
(5)除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
可见，不重复征税是《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》确定股权原值的基本原则。
综上所述，在通常情况下，股权原值按照纳税人取得股权时的实际支出进行确认。如纳税人在获得股权时，转让方已经被核定征收过个人所得税的，纳税人在此次转让时，股权原值可以按照取得股权时发生的合理税费与税务机关核定的转让方股权转让收入之和确定。这也是为了使整个转让环节前后衔接，避免重复征税。
（二）再次转让时股权原值的确认
1．受让人再次转让时股权原值的确定
自2015年1月1日起，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十六条规定，股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
案例3：张三持有甲公司100%的股份，持股成本1000万元，2015年2月，张三将股权平价转让给了李四。税务机关按照净资产核定法，核定股权转让收入为3000万元，李四按照税务机关核定的收入代扣代缴了个人所得税400万元(不考虑相关税费)。2015年9月，李四再次转让该股权，转让价格3200万元，税务机关认为转让价格公允合理。请分析说明李四转让股权应纳的个人所得税。
[答案]根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十六条的规定，李四转让其股权原值按“取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认”即为3000万元，因此股权转让所得为：3200-3000=200(万元）
应纳个人所得税为：200×20%=40(万元)。
假设上述交易发生在2014年，《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号，以下简称27号公告，自2015年1月1日起被67号公告废止）第四条规定，纳税人再次转让所受让的股权的，股权转让的成本为前次转让的交易价格及买方负担的相关税费。
李四再次转让股权原值应为1000万元，再次股权转让所得为：3200-1000=2200（万元）；
应纳个人所得税为：2200×20%=440（万元）。
此时，如果仅从受让方角度讲，用其股权再次转让收入扣除为取得股权而实际发生的支出，作为股权转让所得，据此征收个人所得税，符合《个人所得税法》有关财产转让所得的确定原则。但是，如果将股权交易双方看作一个整体，前次交易转让方被核定征收的核定增值额2000万元部分，就重复征收了两次个人所得税，即重复纳税。
2．盈余积累转增股本后转让股权原值的确定
《国家税务总局关于个人投资者收购企100%后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第23号，以下简称23号公告）规定，一名或多名个人投资者以股权收购方式取得被收购企业100%股权，股权收购前，被收购企业原账面金额中的“资本公积、盈余公积、未分配利润”等盈余积累未转增股本，而在股权交易时将其一并计入股权转让价格并履行了所得税纳税义务。股权收购后，企业将原账面金额中的盈余积累向个人投资者（新股东，下同）转增股本，有关个人所得税问题区分以下情形处理：
(1)新股东以不低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累已全部计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税。
(2)新股东以低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累中，对于股权收购价格减去原股本的差额部分已经计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税；对于股权收购价格低于原所有者权益的差额部分未计人股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。
新股东以低于净资产价格收购企业股权后转增股本，应按照下列顺序进行，即先转增应税的盈余积累部分，再转增免税的盈余积累部分。
新股东将所持股权转让时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费。
案例4：（计算题）张三持有甲公司100%股权，2015年2月，张三将持有的甲公司100%股权以4500万元的价格转让给李四。转让时，被投资企业甲公司净资产账面价值合计为4000万元，其中：股本（投资成本）1000万元，未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积一一其他资本公积500万元。
2015年8月，李四决定将2750万元盈余积累（其中：未分配利润2000万元、资本公积——其他资本公积500万元、盈余公积250万元）转增注册资本。转增注册资本后，甲公司的注册资本为3750万元。
2015年10月，李四将甲公司100%股权转让给王先生，股权转让价格4800万元。请计算张三与李四转让股权应纳的个人所得税。
[答案]( )张三应纳个人所得税：
张三股权转让所得为：4500-1000=3500（万元）；
应缴纳财产转让所得个人所得税：3500×20%=700（万元）。
(2)李四应纳个人所得税：
李四决定将2750万元盈余积累转增注册资本时，由于转增注册资本额全部包括在股权收购价格中，根据23号公告的规定，对已经纳入上次股权转让所得的2750万元不征个人所得税，其股权原值根据国家税务总局公告2013年第23号的规定，为仍其收购企业股权实际支付的对价及相关税费4500万元。
李四再次转让股权时，应纳个人所得税为：(4800-4500)×20%=60（万元）。
案例5：（计算题）张三持有甲公司100%股权，2015年2月，张三将持有的甲公司100%股权以3800万元的价格转让给李四。转让时，被投资企业甲公司净资产账面价值合计为4000万元，其中：股本（投资成本）1000万元，未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积——其他资本公积500万元。主管税务机关认可转让价格。
2015年8月，李四决定将2500万元盈余积累（其中：未分配利润2000万元、盈余公积250万元）转增注册资本。转增注册资本后，甲公司的注册资本为3500万元。
2015年10月，李四将甲公司100%股权转让给王先生，股权转让价格4100万元。请计算张三与李四转让股权应纳的个人所得税。
[答案](1)张三转让股权应按财产转让所得项目征收个人所得税：
该笔交易李四按照规定扣缴了个人所得税：（4800-1000）×2070=760（万元）。
(2)盈余公积转增股本时李四应纳个人所得税为：
留存收入2500万元转增资本时，根据23号公告的规定，对已经纳入上次股权转让所得的2300万元不征个人所得税，对剩余的200万元，李四应缴纳个人所得税：200×20%=40（万元）。
根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十五条的规定，由于被投资企业盈余积累2500万元转增资本，其中2300万元已包括在张三的转让所得中征收了个人所得税，200万元部分李四已经缴纳了个人所得税，本着不重复征税的原则，应当确认股权原值为购买股权的价格为：3800+200=4000（万元）。李四再次转让股权个人所得税应纳税所得额为：4100-4000=100（万元），应该缴纳个人所得税：100×20%=20(万元)。
在此不能机械地根据23号公告认为，新股东将所持股权转让时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费即3800万元。
