（一）转让收入明显偏低的界定
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十二条规定，符合下列情形之一的，视为股权转让收入明显偏低：
(1)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
(2)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关费的；
(3)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权让收入的；
(4)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
(5)不具合理性的无偿让渡股权或股份；
(6)主管税务机关认定的其他情形。
（二）正当理由的界定
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十二条对何为股权转让收入明显偏低
进行了界定，但实际交易中，确实存在部分股权转让收入因种种合理情形而偏低的情形。需要对转让收入偏低的合理情形进行明确，主要是三代以内直系亲属间转让、受合理的外部因素影响导致低价转让、部分限制性的股权转让等。
为此，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十三条规定，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
(1)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权。
例如，张先生持有M公司100%股权，M公司是一家坐落在河北省，生产钢材、线材的小型钢铁企业。2014年的第一场雪，比以往时候来的更晚一些，雾霾笼罩了兵城石门，因此石门市政府决定，采取限产、对小钢厂关停等措施，并下发了相关文件。M公司不幸属于关停之列，因此张先生面临着要么将钢厂转让，被大钢厂兼并重组，要么关停清算的命运。经过多方运作，张先生将M公司100%股权转让给大型国企A公司，转让价格低于M公司净资产价格。在此情形下，张先生可以出具有效文件，证明M公司因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权，虽然计税依据明显偏低，但是有正当理由，不需要核定股权转让收入。
(2)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。
(3)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让。
例如，张三是M股份公司（一家土地使用权资产占25%的非上市公司）实际控制人，持有M公司80%的股权，为了对员工进行长期激励，2015年1月，张先生决定以每股10元的净资产价格分别转让给10位公司高管每人10万股股票，M公司每股股票的公允价格为20元。公司章程规定，公司高管如果离职，必须按照离职上一年末的公司账面净资产价格将股票卖给公司实际控制人张三。2016年2月1日，高管李四离职，按照公司章程规定，将持有的10万股股票以每股15元的净资产价格转让给张三，转让日公司净资产公允价值为25元。按照《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十三条的规定，企业章程规定，有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让，可以视为有正当理由。因此，在此情形下不必核定股权转让收入。事实上，此时职工持有的股票，不允许向公司外部转让，其转让收益权是受到限制的，虽然M公司的土地使用权价值达到账面净资产的25%，高管之间按照账面净资产价格转让股权是符合公平交易原则的。
(4)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
（三）股权转让收入的核定方法
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十四条规定，主管税务机关应依次按照净资产核定法、类比法和其他合理方法核定股权转让收入。
1．净资产核定法
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十四条第一项规定，股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
净资产主要依据被投资企业会计报表计算确定。对于土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占比超过20%的企业，其以上资产需要按照评估后的市场价格确定。评估有关资产时，由纳税人选择有资质的中介机构，同时，为了减少纳税人资产评估方面的支出，对6个月内多次发生股权转让的情况，给予了简化处理，对净资产未发生重大变动的，可参照上一次的评估情况。
2．类比法
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十四条第二项规定：
(1)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；
(2)参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
3．其他合理方法
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十四条第三项规定，主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
根据上述有关规定，主管税务机关在对股权转让收入进行核定时，必须按照净资产核定法、类比法、其他合理方法的先后顺序进行选择。被投资企业账证健全或能够对资产进行评估核算的，应当采用净资产核定法进行核定。被投资企业净资产难以核实的，如其股东存在其他符合公平交易原则的股权转让或类似情况的股权转让，主管税务机关可以采用类比法核定股权转让收入。以上方法都无法适用的，可采用其他合理方法。
